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Utilizzo degli OVINE SNP50 BEADCHIP: esperienze applicative e prospettive per il miglioramento genetico

Usai, Mario Graziano and Sechi, Tiziana and Casu, Sara and Carta, Antonello (2010) Utilizzo degli OVINE SNP50 BEADCHIP: esperienze applicative e prospettive per il miglioramento genetico. Large Animal Review, Vol. 16 (5, suppl.), p. 17-19. ISSN 1124-4593. Article.

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Abstract

A partire dagli anni ’90 la ricerca nel campo del miglioramento genetico delle specie di interesse zootecnico si è concentrata sullo sviluppo di modelli selettivi che sfruttassero le informazioni che provenivano sempre più copiose dallo studio del genoma delle specie domestiche. In particolare sono state teorizzate la selezione assistita da marcatori (MAS) o da geni (GAS) (Dekkers 2003). Tali strategie consistono nel selezionare gli animali sulla base del genotipo a loci marcatori in linkage disequilibrium (LD) con geni di interesse o direttamente gli animali portatori di alleli favorevoli negli stessi geni. Con queste premesse sono stati realizzati numerosi protocolli sperimentali atti ad individuare regioni del genoma associate a caratteri di interesse (QTL) o direttamente polimorfismi genici. Tuttavia, le applicazioni pratiche sono ancora scarse o limitate (Hayes et al., 2009). Il principale limite allo sviluppo di queste strategie selettive è la scarsa densità delle mappe di marcatori fino ad ora utilizzate. Per gli ovini, a partire dalla prima versione (Crawford et al., 1995), la mappa genetica ha subito progressivi aggiornamenti attraverso l’introduzione di nuovi marcatori che hanno portato ad aumentare la porzione di genoma esplorato e la densità della mappa stessa (Maddox e Cockett, 2007). La versione più recente (V 4.7) aggiornata a Dicembre 2006 (http://rubens.its.unimelb.edu.au/~jillm/jill.htm) è costituita da 1.470 marcatori (in prevalenza microsatelliti) che coprono una lunghezza di 3.570 cM. I protocolli sperimentali basati su questo tipo di mappe, in gran parte realizzati nell’ambito del programma di ricerca europeo “genesheepsafety”, hanno consentito di identificare numerosi QTL (Barillet et al., 2005; Carta et al., 2009) caratterizzati però da ampi intervalli di confidenza, per cui non immediatamente utilizzabili in programmi di MAS. Inoltre, solo in pochi casi sono stati individuati polimorfismi su geni candidati associati a caratteri di interesse economico (Scatà et al., 2009; Miari et al., 2009). Verso la fine degli anni ’90 il progredire delle tecniche di sequenziamento del genoma di diverse specie ha portato alla identificazione di decine di migliaia di Single Nucleotide Polymorphism (SNP). Tali marcatori possono evidentemente essere utilizzati per densificare le mappe con le quali sono stati realizzati i precedenti protocolli sperimentali per l’identificazione di QTL e dunque consentire una maggior potenza e una maggiore precisione di localizzazione (finemapping) dei QTL individuati (Meuwissen e Goddard, 2000). L’utilizzo di mappe dense in questo tipo di protocolli può infatti consentire l’identificazione di marcatori strettamente associati al gene, e dunque utilizzabili per programmi di LD_MAS (Dekkers, 2003), e ridurre il numero di geni candidati per posizione sui quali ricercare le mutazioni causali da utilizzarsi in programmi di GAS.

Item Type:Article
ID Code:7576
Status:Published
Refereed:Yes
Uncontrolled Keywords:SNP, genoma ovino, miglioramento genetico
Subjects:Area 07 - Scienze agrarie e veterinarie > AGR/17 Zootecnica generale e miglioramento genetico
Divisions:002 Altri enti e centri di ricerca del Nord Sardegna > AGRIS Sardegna, Olmedo
Publisher:Società italiana veterinari per animali da reddito
ISSN:1124-4593
Additional Information:Presentato al 19. Congresso nazionale S.I.P.A.O.C., Baia Flaminia Resort - Pesaro San Patrignano - Coriano (Rimini), Italia, 22-25 settembre 2010.
Deposited On:17 May 2012 10:25

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